En el año 2005, un adolescente Diego Pizarro llegó a las divisiones menores del club alemán Bayern Múnich para formarse como futbolista profesional. En ese entonces, el hermano menor del ‘Bombardero’ Claudio Pizarro destacó por su talento como mediapunta, e incluso se llegó a pensar que llegaría a ser mucho mejor que su familiar.
Diego continuó su formación con el gigante de Baviera hasta llegar al Bayern Múnich II, cuadro número dos del club, que disputaba competiciones regionales. Sin embargo, y pese a su desempeño, las puertas del primer equipo nunca se le abrieron. Por esa razón, el jugador decidió retornar a Perú para probar suerte en el torneo nacional.
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Es así como Diego Pizarro firmó con Sport Boys en el 2010, fichaje que causo mucho interés en la prensa nacional. No obstante, pese a la repercusión de su llegada, el menor de los Pizarro solo pudo disputar dos encuentros con la escuadra chalaca. Tras este fracaso, Diego pasó por las filas del Colegio Nacional de Iquitos, y posteriormente, Cienciano, donde pudo mostrar su gran habilidad, y logró destacar.
El mediapunta también perteneció una temporada a Melga de Arequipa y Juan Aurich, aunque su mayor performance la mostró con el club Academia Deportiva Cantolao, donde fue pieza clave para el ascenso de la academia en el año 2016.
En el 2020, Pizarro volvió a la Liga 2 para defender los colores de Comerciantes Unidos, pero se alejó del equipo debido a la pandemia de la COVID-19. En la actualidad, está a la espera de un próximo fichaje que le permita retomar su carrera futbolística.