Con 38 años, Jefferson Farfán finalizó su carrera futbolística en el 2022, luego de conseguir el bicampeonato con Alianza Lima. Una lesión en la rodilla lo mantuvo alejado de las canchas en gran parte de la última temporada. Sin embargo, igual formó parte de aquel plantel que consiguió el título 25 de la mano del técnico 'Chicho' Salas. Después de más de un año de que la 'Foquita' colgara los chimpunes, el jugador se volvió a pronunciar sobre este hecho y dejó un fuerte mensaje.
En el último programa de 'Enfocados', el exjugador de Alianza Lima entrevistó a Edison Flores y tocaron el tema del título del 2023, el cual se lo llevó Universitario e impidió el tricampeonato de los blanquiazules. En ese sentido, Jefferson Farfán lamentó su decisión de retirarse del fútbol por la lesión en la rodilla y afirmó que hubiera deseado jugar 'cojo'.
"No entiendo por qué me retiré. Era para quedarme un año más, así cojo. Quería ser tricampeón, quería seguir jugando. Si me daban la rodilla de alguno de ellos, yo seguía jugando, porque hay unos que tienen rodilla por la hue***", manifestó Farfán, lo que causó la risa de 'Oreja' Flores y Roberto Guizasola.
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"Los premios eran largos. Y el que más se llevó fue Edison Flores. Era depende a los partidos. Por eso, este le metió seguido y no se perdió nada. La maca le hizo bien (...). En la selección jugó todos los partidos. Siempre sale la lista, de los pagos y estadísticas. El hombre y Renato Tapia se llevaron el paquete más gigante. Allí salió para casa, carro, todo", declaró la 'Foquita' Farfán.
Desde su regreso al fútbol peruano en el 2021, Jefferson Farfán jugó solo 17 partidos con los blanquiazules y anotó 4 tantos. La 'Foquita' estuvo alejado de las canchas por un buen tiempo debido a las constantes lesiones que sufrió en las dos temporadas de la Liga 1.
En su primera etapa con la blanquiazul, logró tres títulos nacionales (2001, 2003 y 2004). Incluso, anotó el gol decisivo ante Sporting Cristal, durante el suplementario de la final del Descentralizado 2003.
El 23 de marzo de 2021 se confirmó su regreso a Alianza Lima. En esta segunda etapa, Jefferson Farfán se consagraría como campeón dos veces más, aunque en el 2022 no tuvo mucha participación por sus constantes lesiones.
En total, Farfán ganó 18 títulos en los cinco clubes que defendió. Asimismo, marcó uno de los goles del repechaje ante Nueva Zelanda, una de las anotaciones más importantes de su carrera.