Solo dos universidades peruanas son consideradas en la lista de las mejores casas de estudios de Latinoamérica. Una privada y una pública ocupan puestos considerables en el último ranking publicado por el portal Times Higher Education (THE). Estas dos casas de estudios son la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) y la Pontificia Universidad Católica del Perú (PUCP).
La Pontificia Universidad Católica del Perú (PUCP) es la única universidad privada peruana que figura entre los primeros 40 puestos de las mejores casas de estudios en la región, y ocupa el puesto número 36. Es una de las universidades con más demanda en el país. La rendición de un examen de admisión es requisito para ingresar a esta institución y además es una de las más costosas.
Por otro lado, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) es la institución pública que ocupa el puesto número 66 entre las mejores universidades de Latinoamérica. Al ser una universidad pública, los estudiantes no pagan algún tipo de pensión; sin embargo, el examen de admisión es uno de los más complejos en comparación con otras casas de estudios superiores.
Por otro lado, la Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH) se ubica también en el puesto 35, un puesto antes que la PUCP y es la segunda privada mejor reconocida en Latinoamérica. La UPCH junto a la PUCP y la UNMSM lideran también el ranking de universidades con mejor producción científica en Scopus.
Según la Superintendencia Nacional de Educación Superior (Sunedu), esta es la lista de las mejores universidades peruanas en los últimos 40 años: