En los inicios del nuevo milenio, un desconocido Estudiantes de Medicina dio el golpe en la Copa Perú, llegó hasta la gran final —tras pasar por históricos equipos como el Atlético Grau y Bolognesi de Tacna— y ascendió a la Primera División del Perú. Al año siguiente (2001), peleó la final del Torneo Clausura ante Cienciano; no obstante, la perdió.
Sin embargo, a pesar de que le fue relativamente bien desde su llegada a primera, los años posteriores no logró repetir sus grandes actuaciones y estuvo peleando por mantener la categoría. Tanta fue la crisis del equipo morado que en 2004 se tuvo que fusionar con el Atlético Grau y mudarse de Ica a Piura para poder jugar sus partidos de local, aunque se separaron meses después.
El poco apoyo por parte de los hinchas piuranos y la baja taquilla fueron factores determinantes para que se pusiera fin a esta unión, la cual terminó con el retiro del equipo iqueño a mediados del campeonato local de aquel año y, en consecuencia, descendieron de manera automática; además de recibir una sanción de tres años por parte de la Federación Peruana de Fútbol (FPF) que le impidió participar en cualquier campeonato local.
Estudiantes de Medicina. Foto: Líbero
El equipo, pasada la sanción, regresó a la Copa Perú en 2008; lamentablemente, no obtuvieron los resultados esperados y fueron decayendo hasta la Liga Distrital de Ica. Su último registro data de 2014, desde ese entonces, el grupo está desaparecido.
Entre los más recordados se encuentran: Paul Cominges, Carlos Lobatón, Manuel Corrales, Germán Carty, Sergio Ibarra, Rafael Farfán y Juan ‘Chiquito’ Flores. Además de contar con Franco Navarro como entrenador en 2001 y 2003.