La Batalla de Miraflores, librada el 15 de enero de 1881, es recordada como uno de los episodios más trágicos y sangrientos de la Guerra del Pacífico, ya que se enfrentaron nuevamente peruanos y chilenos. Este suceso fue descrito como “el más funesto y sangriento de la historia del distrito de Miraflores” de acuerdo con el portal Lima Gris. Curiosamente, un día antes, las comandancias de ambos países habían acordado negociar un armisticio para detener el derramamiento de sangre en San Juan.
Sin embargo, las tropas chilenas bajo el mando del general Manuel Baquedano continuaron avanzando, preparándose para una eventual batalla. En este contexto, el presidente de facto peruano, Nicolás de Piérola, aceptó el pedido de tregua de los chilenos, otorgándoles tiempo mientras las tropas chilenas se mantenían en actividades de celebración y desorden.
Este tiempo, que podría haber sido una ventaja para las fuerzas peruanas, fue desaprovechado cuando el coronel Andrés A. Cáceres solicitó permiso para atacar al disperso y ebrio ejército chileno, y Piérola lo negó, alegando haber dado su palabra a Baquedano.
A las 19:00 horas del 15 de enero, la batalla culminó con la derrota peruana. Las localidades de Miraflores, Barranco y Chorrillos fueron incendiadas y saqueadas por las tropas chilenas, mientras Piérola se replegaba a Lima y finalmente huía a la sierra. Pese a los esfuerzos heroicos de la colonia italiana y de numerosos miraflorinos que defendieron con valentía su patria, nada pudo evitar la caída.
Según declaraciones del historiador chileno Rafael Mellafe, en el canal de YouTube de Dax Gilgamesh, el conflicto no se detuvo con la batalla de Miraflores. Para asegurar una paz duradera, se impulsó el gobierno de Francisco García Calderón, conocido como el gobierno de la Magdalena, que comenzó a funcionar el 12 de marzo de 1881. Este gobierno, sin embargo, fue desmantelado por los chilenos el 6 de noviembre de 1881, y García Calderón fue enviado prisionero a Chile.
Por otro lado, Nicolás de Piérola se mantuvo como presidente provisional de la República Peruana hasta el 28 de noviembre de 1881, cuando, debido a su escaso apoyo, negoció un pasaporte con el chileno Patricio Lynch para exiliarse en Europa. Mellafe señala que: “Piérola, debido al escaso apoyo que ya tenía, negoció con Patricio Lynch para obtener un pasaporte y exiliarse en Europa, escapando así del conflicto”.
Durante la segunda mitad de 1882, Lisardo Montero, quien fuera vicepresidente del gobierno de García Calderón, asumió como presidente provisional de la República Peruana desde Arequipa. Designó a Miguel Iglesias, un influyente terrateniente de Cajamarca y exministro de guerra de Piérola, como jefe político militar del Norte. En diciembre de 1882, la asamblea constituyente en Cajamarca otorgó a Iglesias el título de presidente regenerador del Perú.
El 3 de mayo de 1883, se firmó un protocolo preliminar de acuerdo entre Iglesias y Lynch, que incluía la cesión perpetua del departamento de Tarapacá a Chile y un plebiscito para determinar el futuro de Tacna y Arica después de 10 años bajo administración chilena. Este protocolo causó gran impresión en el gobierno de Montero en Arequipa, ya que Iglesias se consolidaba políticamente mientras Montero temía ser desplazado.